Το Αγαθονήσι δεν συνδέεται απευθείας με δρομολόγια από τον Πειραιά έτσι θα πρέπει να προσεγγίσετε το νησί της Σάμου, ή της Πάτμου ή της Καλύμνου και από εκεί με τοπικά δρομολόγια σε λίγη ώρα να φτάσετε στον προορισμό σας. Ακόμα το νησί συνδέεται και με τα νησιά Ρόδου, Κω, Λέρου, Λειψούς και Αρκιούς. Η διάρκεια του ταξιδιού από Πειραιά για Σάμο και Πάτμο είναι περίπου 8 με 10 ώρες.