Το εκκλησιαστικό μουσείο στεγάζεται στον ιερό ναό της Αγίας Τριάδας , μια από τις παλιότερες και ομορφότερες εκκλησίες στην Μήλο. Η ίδια η εκκλησία παρουσιάζει μεγάλο αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον καθώς έχουν συνδυαστεί στοιχεία από την βυζαντινή αλλά και την καθολική παράδοση. Στο μουσείο φιλοξενούνται κειμήλια από τα τελευταία 600 χρόνια (ξυλόγλυπτα τέμπλα, επιτάφιοι, εικονοστάσια, δισκοπότηρα, αφιερώματα των πιστών κ.α. Το εκκλησιαστικό μουσείο περιλαμβάνει και μερικές φορητές εικόνες των κρητικών αγιογράφων, Εμμανουήλ και Αντωνίου Σκορδίλη. Ωράριο λειτουργίας: Καθημερινά 09:15-13:15 & 18:15-22:15.