Πάνω από τη Χώρα, στη κορυφή του λόφου στέκεται επιβλητική η μεγαλύτερη εκκλησία του νησιού, η Εκκλησία της Παναγίας. Από εκεί θα μπορέστε να απολαύσετε το μαγευτικό ηλιοβασίλεμα όπως και την υπέροχη θέα όλου του νησιού. Είναι χτισμένη στη θέση αρχαίου ιερού (υπάρχουν ακόμα γλυπτά, επιγραφές, βάσεις αγαλμάτων), με υλικά από το οποίο έχουν χρησιμοποιηθεί για την ανοικοδόμησή του. Η εκκλησία είναι γνωστή για το ψηλό καμπαναριό της, την αρχιτεκτονική της (πολύτρουλη βασιλική), το μαρμάρινο τέμπλο της όπως επίσης και το θρύλο για την εικόνα της Παναγίας και τις θαυματουργικές της ιδιότητες.