Ένα πέπλο μυστηρίου τυλίγει το νησί της Σαμοθράκης ή το νησί του Αιόλου, όπως ονομαζόταν στην αρχαιότητα, καθώς σύμφωνα με τη μυθολογία εδώ κατοικούσαν οι Κάβειροι, αποκρουστικά πλάσματα που καλούνταν γενικά «Μεγάλοι Θεοί», αφού η χρήση των ατομικών τους ονομάτων αποφεύγονταν από φόβο. Πρόκειται για τα παιδιά ή εγγόνια του Ηφαίστου και της Καβειρούς, τρία αρσενικά -οι Κάβειροι- και τρία θηλυκά -οι Καβειρίδες νύμφες. Στη Σαμοθράκη πάντως φαίνεται πως λατρεύονταν με τα Καβείρια Μυστήρια, στο Ιερό των Μεγάλων Θεών που σώζεται ως τις μέρες μας, τέσσερις Θεοί, δύο θηλυκοί με ονομασίες Αξίερος και Αξιοκέρα και δύο αρσενικοί, οι Αξιοκέρσος και Κάσμιλος, που αργότερα ταυτίστηκαν οι μεν με τις Δήμητρα και Περσεφόνη και οι δε με τους  Άδη και Ερμή. Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, που είχε μυηθεί στα Καβείρια Μυστήρια, οι Κάβειροι ήταν θεοί των Πελασγών, από τους οποίους και προέρχεται το ελληνικό έθνος.
Η λατρεία των Καβείρων συνδέεται με αυτήν της Μητέρας Φύσης και της γονιμότητάς της, ενώ η παράσταση καβειριακών αγγείων που απεικονίζει τον Κάβειρο ξαπλωμένο σε στάση οινοποσίας, σαν τον Διόνυσο, μαρτυρά την εφάμιλλη σχέση με τη διονυσιακή λατρεία.  
Ο χαρακτηριστικότερος ίσως μύθος που αφορά τους Κάβειρους είναι αυτός των Αργοναυτών, που για να φτάσουν στην Τροία πέρασαν από τη Σαμοθράκη. Στο ταξίδι αντιμετώπισαν μεγάλη θαλασσοταραχή, οπότε ο Ορφέας, ο μόνος εκ των Αργοναυτών που είχε λάβει μέρος στις μυστηριακές τελετές της Σαμοθράκης, προσευχήθηκε στους Μεγάλους Θεούς και αμέσως οι άνεμοι κόπασαν, ενώ δυο αστέρια φάνηκαν πάνω από το κεφάλι των Διόσκουρων, ως απάντηση από τους Θεούς.
Αναφορά στο νησί γίνεται επίσης στην Ιλιάδα του Ομήρου, όπου ο Θεός της θάλασσας Ποσειδώνας παρακολουθεί τον Τρωικό Πόλεμο  «επ’ ακροτάτης κορυφής Σάμου υληέσσης Θρηϊκής», δηλαδή «από την πιο ψηλή κορυφή της δασωμένης Σαμοθράκης» (Ομήρου Ιλιάδα, Ν στ. 10-19).
Τέλος, λέγεται πως στα Καβείρια Μυστήρια συναντήθηκαν για πρώτη φορά οι γονείς του Μεγάλου Αλεξάνδρου, ο Φίλιππος Β΄ και η Ολυμπιάδα, και πως εδώ πραγματοποιήθηκε η σύλληψη του μεγάλου στρατηλάτη.