Η θέση της Σχοινούσας και η μορφολογία της, με τους πολλούς κολπίσκους, την καθιστούν ιδανικό προορισμό για επίσκεψη με ιστιοπλοϊκό σκάφος. Από εκεί μπορείτε σε λίγη ώρα να προσεγγίσετε και τα γύρω νησιά των Μικρών Κυκλάδων, αλλά και την Πάρο και τη Νάξο κ.ά. Οι πιο προστατευμένοι κόλποι είναι αυτοί στο Μερσίνι, στο νότιο τμήμα και ο κόλπος της Ψιλής Άμμου στο βορρά.