Τα σπάνια εκθέματα του Μουσείου εκτίθενται σε έξι μεγάλες αίθουσες.
ΑΙΘΟΥΣΑ 1: Ο επισκέπτης εξοικειώνεται με τη νεολιθική περίοδο, όπως αυτή αντιπροσωπεύεται από το κοντινό σπήλαιο του Πανός. Ο Παν μετά τη μάχη του Μαραθώνος λατρευόταν ως ήρωας στην περιοχή, επειδή είχε σταθεί αρωγός των Αθηναίων.
ΑΙΘΟΥΣΑ 2: Η δεύτερη αίθουσα περιλαμβάνει αντικείμενα που χρονολογούνται στην 3η χιλιετία (πρώιμη εποχή του Χαλκού). Τα εκθέματα προέρχονται από το περίφημο πρωτοελλαδικό νεκροταφείο στο Τσέπι, τους προϊστορικούς τύμβους στον Βρανά και το θολωτό μυκηναϊκό τάφο στον Αρνό.
ΑΙΘΟΥΣΑ 3: Στην αίθουσα αυτή εκτίθενται ευρήματα, κυρίως από τάφους, που αντιπροσωπεύουν τη γεωμετρική, αρχαϊκή και κλασική περίοδο. Τα μελανόμορφα και ερυθρόμορφα αγγεία, κτερίσματα από τα αντίστοιχα νεκροταφεία της περιοχής, είναι άριστης ποιότητος και δεν έχουν τίποτε να ζηλέψουν από τα σύγχρονά τους αθηναϊκά.
ΑΙΘΟΥΣΑ 4: Εδώ εκτίθενται πορτραίτο του διάσημου μαραθωνίτη σοφιστού Ηρώδη Αττικού (2ος αι μ.Χ.), των μαθητών του αλλά και αρχιτεκτονικά μέλη και εικονιστικά καθιστά αγάλματα του Ηρώδη και της Ρηγίλλης (συζύγου του) από την έπαυλή τους στη λεγόμενη «Μάνδρα της Γριάς», λίγο βορειότερα από τον Βρανά.
ΑΙΘΟΥΣΑ 5: Αίθουσα με ιδιαίτερο υποβλητικό χαρακτήρα, αφού τα αιγυπτιάζοντα εκθέματά της από το ιερό των Aιγυπτιακών Θεοτήτων στη Μπρεξίζα, στην κοντινή Νέα Μάκρη, είναι πραγματικά μοναδικά. Η ίδρυση του ιερού καθώς και του παρακείμενου σε αυτό βαλανείου οφείλεται στον Ηρώδη Αττικό.
ΑΙΘΟΥΣΑ 6: Η τελευταία αίθουσα λέγεται «Αίθουσα του Τροπαίου», διότι εδώ δεσπόζει τμήμα του τροπαίου που στήθηκε στην πεδιάδα του Μαραθώνος μετά τη νίκη των Αθηναίων κατά των Μήδων το 490 π.Χ. Δύο προθήκες περιλαμβάνουν τα κτερίσματα από τους τύμβους των Αθηναίων και το λεγόμενο «Τύμβο των Πλαταιέων». Τα επιτύμβια ανάγλυφα και οι επιγραφές που εκτίθενται χρονολογούνται στην κλασική περίοδο.
Πηγή: http://www.tap.gr/tapadb/components/com_jshopping/files/demo_products/025_MMA_Mouseio_Marathona_W.pdf