30 χλμ. μακριά από το κέντρο του Ρεθύμνου εκτείνεται η πόλη της Αρχαίας Ελεύθερνας, της οποίας το κύριο μέρος έχει εντοπιστεί στους λόφους Νησί και Πυργί. Η Αρχαία Ελεύθερνα ήταν ο τόπος καταγωγής του φιλοσόφου Διογένη, του ποιητή Λίνου, του λυρικού ποιητή Αμήτωρα και του γλύπτη Τιμοχάρη. Οι αρχαιολογικές ανασκαφές που ξεκίνησαν το 1929 έφεραν στο φως ευρήματα όπως τάφοι, λείψανα και τμήματα λουτρών και κατοικιών από τους πρωτογεωμετρικούς έως τους αρχαϊκούς και πρωτοβυζαντινούς χρόνους, τμήματα οχυρωματικού πύργου κ.ά.