Ένα ξεχωριστό φαινόμενο που παρατηρείται στη Σαμοθράκη είναι ο σχηματισμός φυσικών λιμνών στις οποίες καταλήγουν τα νερά από τους καταρράκτες. Τα κρύα τους νερά δεν αποτελούν εμπόδιο για τους επισκέπτες τους που απολαμβάνουν εδώ τις βουτιές τους. Οι βάθρες του νησιού ξεπερνούν αριθμητικά τις εκατό, αλλά οι πιο γνωστές είναι αυτές που σχηματίζονται από τον ποταμό Φονιά, όπως η Γριά Βάθρα και η Κλείδωση.