Στεγάζεται στη δυτική πλευρά του δημαρχείου της Ερμούπολης, στην πλατεία Μιαούλη ήδη από το 1899. Τα ευρήματα του Ιωάννη Κοκκώνη είναι αυτά που θα σας κεντρίσουν το ενδιαφέρον, διότι είναι οι πρώτες επιγραφές της αρχαιότητας που βρέθηκαν στις Κυκλάδες. Θα δείτε σκεύη και ειδώλια που βρέθηκαν στην Αμοργό, την Κύθνο, την Πάρο, τη Νάξο και την Αίγινα, στους αρχαιότερους και σημαντικότερους δηλαδή οικισμούς των Κυκλάδων, ενώ τα εργαλεία, τα όπλα, τα κεραμικά, τα μαρμάρινα και μεταλλικά έργα που βρέθηκαν στους οικισμούς Καστρί και Χαλανδριανή αποκαλύπτουν την εργατικότητα των νησιωτών και την ανάπτυξη του νησιού ήδη από την 3η χιλιετία π. Χ. Το μουσείο εκθέτει και ευρήματα της ελληνιστικής και της ρωμαϊκής περιόδου όπως γλυπτά, επιτύμβιες στήλες και επιγραφές. Η εντυπωσιακή πυξίδα (αρ. ευρ. 177) που βρέθηκε σε τάφο της Χαλανδριανής και χρονολογείται στο δεύτερο μισό της 3^ης χιλιετίας π. Χ. μαζί με το «Δέπας αμφικύπελλον» (αρ. ευρ. 458) που βρέθηκε στον οικισμό του Καστρίου, χρονολογούμενο στο τέλος της 3^ης χιλιετίας π. Χ, είναι τα σημαντικότερα εκθέματα του μουσείου.