Ο αρχαιολογικός χώρος της Σάμης χωρίζεται σε δύο τμήματα: Πάνω ψηλά στους λόφους, ανατολικά από τη σημερινή ομώνυμη πόλη, δεσπόζει ένα μεγάλο μέρος της αρχαίας οχύρωσης με τις πύλες του και κάτω, σε κεντρικά σημεία της Σάμης, διάσπαρτα αξιόλογα ευρήματα που ήρθαν στο φως από ανασκαφές. Στα τελευταία περιλαμβάνονται τέσσερα αρχαία νεκροταφεία, τμήματα των παράλιων τειχών και  ίχνη ναού. Τα πιο επιβλητικά και καλοδιατηρημένα ευρήματα βρίσκονται στη θέση Λουτρό της πόλης, που περιλαμβάνει ένα αρκετά καλά σωζόμενο μέρος του ρωμαϊκού υδραγωγείου καθώς και ένα κρηναίο οικοδόμημα. Τα πλέον εντυπωσιακά είναι τα ευρήματα από τις ιδιωτικές κατοικίες των κατοίκων της αρχαίας Σάμης: Ψηφιδωτά δάπεδα με πολύχρωμες περίτεχνες αναπαραστάσεις που κοσμούν τις επαύλεις μαρτυρούν μια εποχή ακμής και πλούτου. Τέλος, στα πιο καλοδιατηρημένα απομεινάρια της δοξασμένης αρχαίας Σάμης συγκαταλέγεται και το σύμπλεγμα των ρωμαϊκών λουτρών ή αλλιώς ρωμαϊκό βαλανείο, στην οδό Διχαλίων, και αυτό με πανέμορφα ψηφιδωτά.