Το Εθνικό Αρχαιολογικό μουσείο εξαιτίας των εξαιρετικών εκθεμάτων που διαθέτει μπορεί να παρασύρει ακόμη και όσους δεν αρέσκονται να επισκέπτονται μουσεία.  Έργα τέχνης που πέρα από την αρχαιολογική σπουδαιότητά τους προσφέρουν και πλούσιο εικαστικό ενδιαφέρον μιας και  αφορούν διάφορες  τεχνοτροπίες, περιόδους και περιοχές της Ελλάδας. Ανάμεσα στα 11.000 εκθέματα ξεχωρίζουν το παιδί με το άλογο, το άγαλμα του Ποσειδώνα, το χρυσό προσωπείο του Αγαμέμνονα, ευρήματα από τον προϊστορικό οικισμό της Θήρας και πολλά πολλά ακόμη. Αρκετά από τα εκθέματα είναι τόσο αριστοτεχνικά που σε μεταφέρουν στην εποχής τους, παρασύροντας το νου μακριά από το μουσείο.
Οι θεματικές ενότητες που παρουσιάζονται στις δεκάδες αίθουσες του είναι:
Η Συλλογή Προϊστορικών Αρχαιοτήτων, με έργα των μεγάλων πολιτισμών που αναπτύχθηκαν στο Αιγαίο από την 6η χιλιετία έως το 1050 π. Χ. (νεολιθικού, κυκλαδικού και μυκηναϊκού) καθώς και ευρήματα από τον προϊστορικό οικισμό της Θήρας.
Η Συλλογή Έργων Γλυπτικής, που παρουσιάζει την εξέλιξη της αρχαίας ελληνικής γλυπτικής από τον 7ο αι. π. Χ. έως τον 5ο αι. μ. Χ., μέσα από μοναδικά έργα τέχνης.
Η Συλλογή Αγγείων και Μικροτεχνίας, που περιλαμβάνει αντιπροσωπευτικά έργα της αρχαίας ελληνικής κεραμικής από τον 11ο αι. π.Χ. έως και τη ρωμαϊκή εποχή, καθώς και και τη Συλλογή Σταθάτου, μια διαχρονική συλλογή μικροτεχνημάτων.
Η Συλλογή Έργων Μεταλλοτεχνίας με πολλά μοναδικά πρωτότυπα έργα, αγάλματα, ειδώλια και έργα μικροτεχνίας.
Η Συλλογή Αιγυπτιακών και Ανατολικών Αρχαιοτήτων με έργα τέχνης, που χρονολογούνται από την προδυναστική περίοδο (5000 π.Χ.) έως και τους χρόνους της ρωμαϊκής κατάκτησης.
Το μουσείο συχνά φιλοξενεί και πολύ ενδιαφέρουσες περιοδικές εκθέσεις.
Ωράριο λειτουργίας: Δευτέρα 13:00 - 20:00, Τρίτη-Κυριακή και αργίες 08:00-15:00