Πρόκειται για τον ηγέτη των ναυτικών μουσείων. Το μουσείο αυτό φιλοξενεί εκθέματα σχετικά με την επίδοση των Ελλήνων στη θάλασσα και στο εμπόριο ανά τους αιώνες. Παρουσιάζει την εξέλιξη του ελληνικού ναυτικού από τα προϊστορικά χρόνια ως σήμερα. Ο επισκέπτης, εκτός από την πορεία αυτή μπορεί να απολαύσει στη Ναυτική Πινακοθήκη έργα θαλασσογράφων του 19^ου- 20^ου αιώνα. Ακόμη στο εσωτερικό του Μουσείου λειτουργεί οργανωμένη βιβλιοθήκη καθώς και συλλογή από χάρτες του ελληνικού αλλά και παγκόσμιου χώρου από τον 16^ο ως τον 19^ο αιώνα. Στον προαύλιο χώρο του Μουσείου βρίσκεται το θρυλικό υποβρύχιο του ελληνικού ναυτικού, «Παπανικολής». 
Ωράριο λειτουργίας: Τρίτη έως Σάββατο 9:00 - 14:00,