Είναι το νεότερο - αν και η χρονολογία κατασκευής του παραμένει άγνωστη - από τα πολλά τζαμιά που υπάρχουν στη Λάρισα. Χρησιμοποιήθηκε ως χώρος λατρείας των Μουσουλμάνων της Λάρισας μέχρι το 1924, ενώ από το 1939 μέχρι το 1941 στέγασε μια μικρή αρχαιολογική συλλογή και τη δημοτική βιβλιοθήκη. Έως και τον Ιανουάριο του 2012, το Γενί Τζαμί φιλοξενούσε το Αρχαιολογικό Μουσείο της Λάρισας, όμως πλέον έχει ανασταλεί η λειτουργία του, καθώς τα εκθέματα μεταφέρονται σε νέο χώρο, στο Διαχρονικό Μουσείο Λάρισας, που αναμένεται να λειτουργήσει από το 2014. Ωστόσο, όταν ολοκληρωθούν οι εργασίες, το Γενί Τζαμί θα εξακολουθήσει να είναι εκθεσιακός χώρος.