Πρόκειται για ένα μικρό νησί στην είσοδο του κόλπου του Μιραμπέλου απέναντι από την Ελούντα, ωστόσο η ιστορία που κουβαλάει είναι μεγάλη. Κατά την αρχαιότητα υπήρχε εκεί το φρούριο των Ολουνιτών για να προστατεύει την πόλη της Ολούντας, δηλαδή της σημερινής Ελούντας. Κατά την Ενετοκρατία οι Ενετοί έκτισαν το 1574 ένα νέο ισχυρό φρούριο με διπλά τείχη και 35 κανόνια, θέλοντας να προστατεύσουν τον κόλπο από τους Τούρκους. Κατά την κρητική επανάσταση έπαιξε σημαντικό ρόλο καθώς εκεί κατέφυγαν επαναστάτες. Τότε έγιναν κάποιες επισκευές και μετατροπές και χτίστηκαν δύο ναοί. Στην περίοδο της Τουρκοκρατίας στο νησί ζούσαν οικογένειες Οθωμανών, οι οποίοι εκμεταλλεύονταν εμπορικά το λιμάνι, ενώ κτίσματα αυτής της καστροπολιτείας όπως διώροφες κατοικίες και εμπορικά καταστήματα υπάρχουν ακόμα στο νησί. Η πιο θλιβερή σελίδα στην ιστορία του νησιού γράφτηκε την περίοδο 1903-1957, κατά την οποία στη Σπιναλόγκα εξορίστηκαν άνθρωποι που έπασχαν από τη νόσο του Χάνσεν. Αρχικά μεταφέρονταν εκεί ασθενείς από την Κρήτη ενώ αργότερα άνθρωποι από όλη την Ελλάδα ζούσαν στα κτήρια της εποχής των Οθωμανών. Αυτή η περίοδος έγινε θέμα του γνωστού μπεστ σελερ «Το νησί» καθώς και επιτυχημένης τηλεοπτικής σειράς που βασίστηκε σε αυτό. Σήμερα μπορείτε να επισκεφθείτε το νησί με καραβάκι από τον Άγιο Νικόλαο, την Ελούντα και την Πλάκα. Θεωρείται ένα από τα σημαντικότερα θαλάσσια οχυρά της Μεσογείου.