Κτισμένη το 1537, είναι μια από τις παλαιότερες μονές της Κρήτης. Βρίσκεται στο Ακρωτήρι Χανίων, 19 χλμ. από τα Χανιά, σε υψόμετρο 260 μ. στην είσοδο του Φαραγγιού Αυλάκι. Κτίστηκε πιθανότατα από τους μοναχούς που ζούσαν στη Μονή Καθολικού, η οποία βρίσκεται πιο κάτω, μέσα στο φαράγγι. Η αρχιτεκτονική της μοιάζει με ενετικό φρούριο, σε σχήμα παραλληλόγραμμο και πύργους με πολεμίστρες σε κάθε γωνία του. Ο κυρίως ναός είναι αφιερωμένος στην Παναγία, «Κυρά των Αγγέλων», ενώ το παρεκκλήσι στον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη ή Ξένο, που ασκήτευε σε μια σπηλιά μέσα στο φαράγγι και φαίνεται να είναι ο ιδρυτής της μονής.
Γνώρισε αλλεπάλληλες καταστροφές κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας, ώστε καταστράφηκαν και τα αρχεία της Μονής, αλλά και έπειτα από τους Γερμανούς κατά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Από το μοναστήρι ξεκινά πλακόστρωτο κατηφορικό μονοπάτι που οδηγεί μέσα στο φαράγγι, περνά από το σημείο στο οποίο όπως φαίνεται ασκήτεψε ο Αγ. Ιωάννης ο Ερημίτης, και καταλήγει στη θάλασσα. Το σπηλαίο που ασκήτεψε ο άγιος (η μνήμη του εορτάζεται στις 20 Σεπτεμβρίου) είναι εμφανές και παρακείμενα του σώζονται σε πολύ καλή κατάσταση τα ερείπια της Μονή Καθολικού με το γεφυράκι και τα υπόλοιπα κτίσματα να φανερώνουν την δραστηριότητα που υπήρχε εκεί πριν πολλά πολλά χρόνια. 
Η πρόσβαση στη Μονή Γουβερνέτου γίνεται μέσω της μονής Αγίας Τριάδας όπου υπάρχει και πινακίδα για το μοναστήρι. Ωράριο λειτουργίας: Δευτέρα, Τρίτη, Πέμπτη 9:00-12:00 & 17:00-19:00, ενώ το Σαββατοκύριακο 9:00-11:00 & 17:00-20:00.