Σε ένα κτίριο που κάποτε ήταν ο καθολικός ναός San Salvatore εκτίθενται τα ευρήματα των ανασκαφών που αφορούν την περίοδο από τα παλαιοχριστιανικά χρόνια έως και την Τουρκοκρατία.
Στα εκθέματα περιλαμβάνονται  επιτύμβιες επιγραφές, εικόνες, τοιχογραφίες, ψηφιδωτά, κεραμικά και άλλα αντικείμενα που παρουσιάζουν την καλλιτεχνική δραστηριότητα του νομού Χανίων κατά τους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς χρόνους. Ωράριο λειτουργίας: Καθημερινά 8:30-15:00 εκτός Δευτέρας. Εισιτήρια: Ολόκληρο €2, μειωμένο €1. Ενιαίο Εισιτήριο για το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων και την Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή Συλλογή: Ολόκληρο €3, μειωμένο €2.