Ονομαστό σπήλαιο κοντά στα Χανιά είναι το σπήλαιο της Παναγιάς της Αρκουδιώτισσας, που κατά τα Μυκηναϊκά χρόνια ήταν χώρος λατρείας της Άρτεμης. Ο σταλαγμίτης που θυμίζει αρκούδα λέγεται ότι είναι η αρκούδα που κυκλοφορούσε στην περιοχή και που την πέτρωσε η Παναγία για να προφυλάξει τους μοναχούς της παρακείμενης μονής.
Λίγο παρακάτω, μετά από 5 χλμ. κατηφορίζοντας τα σκαλοπάτια μετά το μοναστήρι του Γουβερνέτου, βρίσκεται το βαθύ σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη, με μικρό εκκλησάκι στο εσωτερικό του αφιερωμένο στον άγιο. Ο Ιωάννης ο Ερημίτης έζησε για τρία χρόνια σε ένα σπήλαιο δίπλα στο χωριό Σπηλιά, στο Κολυμπάρι. Λέγεται πως κυκλοφορούσε γυμνός και έμοιαζε με αγρίμι. Ανάμεσα στα θαύματά του συγκαταλέγεται και η θαυμαστή ανάβλυση νερού από το βράχο, στο σημείο όπου χτύπησε με το ραβδί του ο άγιος.