Το μουσείο άρχισε να λειτουργεί από το 1963 στο καθολικό της ενετικής μονής του Αγίου Φραγκίσκου.
Η συλλογή του περιλαμβάνει εκθέματα από την ιστορία του νομού, από τη νεολιθική εποχή έως και τα χρόνια της Ρωμαιοκρατίας. Εκεί θα δείτε προϊστορικά ευρήματα από σπήλαια, από τάφους της γεωμετρικής περιόδου και βέβαια μινωικά ευρήματα από την πόλη των Χανίων. Στον ευχάριστο εσωτερικό κήπο του μουσείου έχουν μεταφερθεί η ενετική κρήνη από την πλατεία Σιντριβανιού και πόρτες από ενετικές επαύλεις. Ωράριο λειτουργίας: Θερινό ωράριο 09:00-16:00.