Το δεύτερο μουσείο στο οποίο συγκεντρώνονται τα αρχαιολογικά ευρήματα του Νομού Χανίων και ειδικότερα της περιοχής Κισάμου στεγάζεται στο κτίριο του παλαιού Ενετοτουρκικού Διοικητηρίου, το οποίο βρισκόταν μέσα στην περίμετρο του βενετσιάνικου κάστρου που βρίσκεται στην πλατεία του παραδοσιακού τμήματος της πόλης, εκεί όπου βρισκόταν η αρχαία Κίσσαμος. Η αρχαία Κίσσαμος ισοπεδώθηκε από σεισμό το 365μ.Χ. Στο μουσείο παρουσιάζονται ηλεκτρονικά οι σχετικές έρευνες που αναφέρονται στο γεγονός, καθώς και αρκετό πληροφοριακό υλικό.
Μέσα από τα εκθέματα του μουσείου ο επισκέπτης ξεναγείται στην ιστορία της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, με ιδιαίτερη έμφαση στη ρωμαϊκή πόλη της Κισάμου. Στην πλούσια συλλογή του μουσείου ξεχωρίζουν ελληνιστικές επιγραφές, ψηφιδωτά δάπεδα, ένα ηλιακό ρολόι καθώς και κοσμήματα από πολύτιμα υλικά που βρέθηκαν σε κτερίσματα τάφων. Ωράριο λειτουργίας: Καθημερινά 8:30-15:00 εκτός Δευτέρας. Εισιτήρια: Ολόκληρο: €2, μειωμένο: €1.