Η Σάμος, παρά τις συχνές πυρκαγιές κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού, είναι από τα πιο «πράσινα» νησιά του Αιγαίου. Το 21,4% του εδάφους της καλύπτεται από δάση. Κυρίως πευκοδάση, καθώς το πεύκο είναι το πιο διαδεδομένο δέντρο στο νησί. Συναντάμε πευκοδάση στα βουνά Κέρκης και κυρίως στον κατάφυτο Καρβούνη ή Άμπελο. Τα μεγαλύτερα πευκοδάση υπάρχουν στην Άμπελο, ο Κέρκης έχει λιγότερα και βρίσκονται στις ανατολικές και στις βορειοδυτικές πλαγιές του και  μικρές συστάδες σε άλλες περιοχές. Βέβαια ο Κέρκης -όπου συναντάμε τη σπάνια μαύρη πεύκη και άγρια κυπαρίσσια και κέδρους- με τα 2 φαράγγια που οδηγούν στο Μικρό και στο Μεγάλo Σεϊτάνι ανήκουν στο Ευρωπαϊκό Δίκτυο Natura 2000.
Υπάρχουν επίσης και δασικές εκτάσεις που υπολογίζονται στα 88.700 στρέμματα. Μια πολύ όμορφη δασική περιοχή βρίσκεται στην περιοχή της πρωτεύουσας του νησιού: Περνώντας από το χωριό Παλαιόκαστρο που βρίσκεται λίγο έξω από το Βαθύ και συνεχίζοντας στο δρόμο για τις παραλίες Κέρβελη, Μυκάλη και Ποσειδώνιο υπάρχουν πυκνές δεντρόφυτες εκτάσεις κυρίως πευκοδάση, αλλά και με πουρνάρια, κυπαρίσσια και θυμάρι. Στα δυτικά, στις περιοχές Καλλιθέας και  Δρακαίων, συναντάμε επίσης πλούσιες σε βλάστηση δασικές εκτάσεις καθώς και σε πολλές περιοχές του βορείου τμήματος.