Στόχος του Ιστορικού Μουσείου είναι να μας εισαγάγει στην ιστορία της Κρήτης από τους πρώτους Χριστιανικούς αιώνες έως τη σύγχρονη εποχή. Το υλικό του μουσείου είναι ιστορικό, αρχαιολογικό και εθνογραφικό, με τις συλλογές του συνεχώς να εμπλουτίζονται. Οι μόνιμες εκθέσεις που λειτουργούν στο Μουσείο είναι η αίθουσα Ανδρέα Γ. Καλοκαιρινού, συλλογές Κεραμικών και Γλυπτών, Νομισματική συλλογή, Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή συλλογή, Νεότερη και Σύγχρονη ιστορία της Κρήτης (Οθωμανική κυριαρχία-Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα-περίοδος του μεσοπολέμου-Β’ Παγκόσμιος Πόλεμος-αίθουσα Εμμανουήλ Τσουδερού), αίθουσα Νίκου Καζαντζάκη και Εθνογραφική Συλλογή. Στο χώρο του Μουσείου λειτουργεί και βιβλιοθήκη με αρκετές σπάνιες εκδόσεις. Ωράριο λειτουργίας: Θερινό: Δευτέρα-Σάββατο 9:00-17:00, Χειμερινό: Δευτέρα-Σάββατο 9:00-15:30, Κυριακές & Αργίες κλειστά.