Στεγάζεται στο χώρο της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής και περιέχει αξιόλογα εκθέματα 17ου και 18ου αιώνα, ανάμεσά τους σπάνιες βυζαντινές εικόνες και αρχαία κειμήλια, ζωντανά δείγματα της εκκλησιαστικής ζωής του νησιού. Οι εικόνες του  Χριστού  Παντοκράτωρ, του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, της Σταύρωσης και της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής όπως και ο ξυλόγλυπτος επιτάφιος της Παναγίας ξεχωρίζουν για την τεχνοτροπία τους. Ωράριο λειτουργίας: Καθημερινά από τον Απρίλιο, τους καλοκαιρινούς μήνες ανοιχτά όλη την ημέρα.