Το Πυθαγόρειο ήταν η αρχαία πόλη της Σάμου και είναι εύλογο να συναντάμε εκεί την πλειονότητα των αρχαίων ευρημάτων και αρχαιολογικών χώρων του νησιού. Ένα από αυτά είναι και τα τμήματα της αρχαίας οχύρωσης της πόλης κατασκευασμένα κατά την περίοδο της διακυβέρνησης του τύραννου Πολυκράτη, από τον οποίο πήραν και το όνομά τους. Τα πολυκράτεια τείχη, μήκους 6.430 μέτρων, προστάτευαν την αρχαία πόλη της Σάμου περικλείοντας μιαν έκταση 1,2 χιλ². Ακόμα και σήμερα εντυπωσιάζεται ο επισκέπτης με τα ελάχιστα τμήματά τους που έχουν διασωθεί.