Ο Εύφημος και ο σβώλος: Σύμφωνα με το μύθο, όταν οι Αργοναύτες επέστρεφαν από τη Κολχίδα σταμάτησαν στη Λιβύη, όπου τους φιλοξένησε ο βασιλιάς της χώρας και γιος του θεού Ποσειδώνα, Ευρύπυλος. Φεύγοντας οι Αργοναύτες, ο Ευρύπυλος τους έδωσε ένα σβώλο γης ως δώρο. Όταν η «Αργώ» - πλοίο που χαρακτηρίστηκε το γρηγορότερο και πιο στέρεο της εποχής του - έφτασε κοντά στην Ανάφη, από απροσεξία του ναυτικού Εύφημου, ο σβώλος έπεσε στη θάλασσα. Στο σημείο αυτό αναδύθηκε ένα νησί, η Καλλίστη (Σαντορίνη).

Ο μύθος του Φαέθοντα: Ένας άλλος μύθος συνδέει τη μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης με το Φαέθοντα. Ο Φαέθοντας ήταν γιος του Ήλιου και της Κλυμένης. Ζήτησε λοιπόν από τον πατέρα του να οδηγήσει το άρμα με τα άλογα του. Δε κατάφερε όμως να ελέγξει τα άλογα, προκαλώντας μεγάλες καταστροφές. Τότε ο Δίας για να σταματήσει το άρμα κατακεραύνωσε το Φαέθοντα.

Διαγωνισμός Θεών: Το γιγάντιο παλιρροϊκό κύμα που προκλήθηκε μετά την έκρηξη συνδέεται και με ένα μύθο της Αθήνας. Στην Αθήνα γινόταν διαγωνισμός μεταξύ της θεάς Αθηνάς και του Θεού Ποσειδώνα για τη διεκδίκηση της πόλης. Ο Ποσειδώνας έχασε, εκδηλώνοντας την οργή του στο στοιχείο του, τη θάλασσα, δημιουργώντας το παλιρροιακό κύμα. Η Αθηνά κέρδισε και έδωσε και το όνομά της στη πόλη.

Ατλαντίδα: Τέλος ένας ακόμα μύθος συνδέει τη καταστροφή του πολιτισμού της Σαντορίνης με το μύθος της Ατλαντίδος. Η Ατλαντίδα αποτελούταν από δύο νησιά, με μεγάλη πολιτισμική ανάπτυξη και πλούτο, το «μείζον» και το «έλασσον». Σύμφωνα με μαρτυρίες, μεγάλες πλημμύρες και ισχυροί σεισμοί κατέστρεψαν την Ατλαντίδα. Περιγραφές της μορφολογίας της ταιριάζουν με ένα σημείο της Κρήτης κοντά στο Ηράκλειο. Έτσι πιθανολογείται πως η Κρήτη ήταν το «μείζον» νησί, η Βασιλική Πολιτεία και η Σαντορίνη το «έλασσον», η λεγόμενη Μητρόπολη.